广西壮族自治区疾病预防控制中心新发传染病研究室于近日完成了一株肠道71型病毒（Enterovirus 71，EV71）全基因组序列测定。该毒株来自2008年广西区一例手足口病死亡儿童，经RD细胞培养分离并噬斑稀释法克隆纯化，并用经卫生部推荐的.EV71 RT-PCR方法验证。所采取的病毒全基因组序列测定策略是，采用BIOEDIT软件对从Genebank下载现有的70条EV71的全序列进行同源性比较，筛选出EV71核酸序列的保守区段，利用Primer premier 5.0引物设计软件在保守区段自行设计并合成九对引物；然后用这九对引物对该毒株进行RT-PCR扩增，凝胶电泳纯化扩增产物，进行质粒连接并转化感受态细胞，通过抗性筛选阳性克隆菌落，菌落直接送上海生物工程做双向核酸序列测定；所得9个片段测序去除载体部分后，应用DNASTAR软件做序列拼接，并结合测序峰图确定最佳碱基，最后得到一条完整的广西EV71全基因组序列。

用序列分析软件MAGE4.0初步分析发现，此EV71 广西分离株全基因组全长度7405bp，其中A占27.1%，C占24.3%，G占23.8%，U占24.9%。基因组5‘端有开始有742个碱基的5’非编码区（5’untranslation region，5’UTR），其后为6582个核苷酸的编码区，编码一个大的多聚蛋白，其后为81个碱基的3‘非编码区。经全基因组序列进化树分析，该EV71为C4亚型，与2008年在国内其他地区和近些年在亚洲各国爆发的EV71属同一亚型。广西这株EV71毒株的基因组全序列现已被Genebank收录，收录号为GQ892830。

 EV71属小RNA病毒科（Picornaradae）肠道病毒属（Enterovirus）成员。1974年Schmidt等人首次报道从美国加州爆发的表现为神经系统症状患者中分离到EV71病毒，随后世界上许多国家相继报道了EV71病毒的流行情况。目前已知的EV71感染可以导致手足口病（hand,foot and mouth disease,HFMD），特别是其侵犯中枢神经系统，给儿童、尤其是婴幼儿带来很大的危害。近年来世界各国包括我国及周边地区都有EV71感染所致的疾病大规模暴发，并伴随着较多的死亡病例出现。目前EV71的检测与分子流行病学研究主要基于病毒的核酸序列资料，因此其不同时期、不同地区和不同对象等病毒核酸序列数据了累积是非常有价值的。

本次EV71的全基因组序列测定完全由广西疾病预防控制中心新发传染病研究室自主完成，这标志着我单位的分子生物学研究水平又上了一个新台阶。今后我们可以应用该技术对更多有地方特色的病原微生物菌（毒）株进行核酸序列分析，为广西的传染病预防控制及研究提供更多高水平的方法和数据。

（杨哲、邓丽丽）