放射卫生防护所一贯重视实验室质量控制工作，为确保检测结果的合法性和权威性，每年都能按照科室制定的实验室质量控制工作计划，按预期目标进行实验室内部质量控制与外部质量控制控制，对仪器设备的期间核查、设备检定（校准）、实验室环境监测、消耗品管理等均有专人负责，对科室工作的日常质量监督能有效进行，并且注重人员培训，各项质控措施均能落到实处。
    在2014年全国放射卫生技术机构检测质量控制比对考核中，放射卫生防护所参加了3项比对，取得了“个人剂量监测质量控制比对”结果优秀、“放射性核素γ能谱分析质量控制比对”结果合格、“水中总α总β放射性测量质量控制比对”结果合格的好成绩。广西区疾控中心放射卫生实验室的检测能力位于全国放射卫生技术机构前列。